1991 ఆగస్టు 20 న స్వాతంత్ర్యం పునరుద్ధరించబడింది. స్వాతంత్ర్యం పునరుద్ధరించడంతో ఎస్టోనియా ఒక ప్రజాస్వామ్య సమైక్య పార్లమెంటరీ గణతంత్రంగా అయింది. దీనిలో పదిహేను కౌంటీలు ఉన్నాయి. దీని రాజధాని, దేశంలో అతిపెద్ద నగరం టాలిన్. 1.3 మిలియన్ల జనాభాతో ఐరోపా సమాఖ్య, యూరోజోన్, నార్త్ అట్లాంటిక్ ట్రీటీ ఆర్గనైజేషన్ (నాటో), ఒ.ఇ.సి.డి, స్కెంజెన్ ప్రాంతంలోని అతి తక్కువ జనాభా కలిగిన సభ్య దేశాల్లో ఇది ఒకటిగా ఉంది.

జర్మనీ 1941 జూన్ 22 న సోవియట్ యూనియన్‌ను ఆక్రమించిన తరువాత వేహ్ర్మచ్ట్ జూలై 7 న ఎస్టోనియన్ దక్షిణ సరిహద్దును దాటింది. ఎర్ర సైన్యం జూలై 12 న పర్ను రివర్ - ఎమజొగి లైన్ వెనుకకు వెళ్ళింది. జూలై చివరినాటికి ఎస్టోనియాలోని ఎస్టోనియా ఫారెస్ట్ బ్రదర్స్‌తో కలసి పనిచేస్తున్న జర్మన్లు ​​ఎస్టోనియాలో ముందుకు సాగారు. జర్మన్ దళాలు ఎస్టోనియన్ పార్టిసిన్స్ రెండూ ఆగస్టు 17 న నార్వాను,ఆగస్టు 28 న ఎస్టోనియన్ రాజధాని టాలిన్ని ఆక్రమించింది. సోవియట్ యూనియన్ ఎస్టోనియా నుండి బయటకు వెళ్ళిన తరువాత జర్మన్ దళాలు అన్ని పార్టిసన్ సమూహాలను నిరాకరించాయి. [111] ప్రారంభంలో జర్మన్లు ​​చాలా మంది ఎస్టోనియన్లు యు.ఎస్.ఎస్.ఆర్. అణచివేతల నుండి స్వేచ్ఛను స్వాగతించారు. దేశం స్వాతంత్ర్యం పునరుద్ధరణకు నిరీక్షణలు పెరిగాయి. నాజీలు కేవలం మరొక ఆక్రమిత అధికారం మాత్రమే అని గ్రహించారు. జర్మన్లు ​​వారి యుద్ధ ప్రయత్నాలకు ఎస్టోనియా వనరులను ఉపయోగించారు. ఆస్ట్రియా లోని జర్మనీ ప్రావీంసులో ఎస్టోనియా భాగంగా ఉంది. జర్మన్లు వారి ఎస్టోనియా సహకారులు ఎస్టోనియాలో హోలోకాస్టును కూడా చేపట్టారు. దీనిలో వారు 22 నిర్బంధ శిబిరాల నెట్వర్కుకు ఏర్పాటు చేశారు. వేల మంది ఎస్టోనియన్ యూదులు, ఎస్టోనియన్ జిప్సీలు, ఇతర ఎస్టోనియన్లు, ఎస్టోనియన్ కాని యూదులు, సోవియట్ యుద్ధ ఖైదీలను హత్య చేశారు.[112] సోవియట్ యూనియన్‌తో పోరాడడానికి ఫిన్నిష్ సైన్యం (ఇది నాజీలతో అనుబంధం కలిగివుంది) నాజీలను ఇష్టపడని కొందరు ఎస్టోనియన్లు (ఎస్టోనియన్: సోమోమ్పోసిడ్), ఫిన్లాండ్లో ఎస్టోనియా స్వచ్ఛంద సేవకుల నుండి ఫిన్లాండ్ ఇన్ఫాంట్రీ రెజిమెంట్ 200 ఏర్పడింది. చాలామంది ఎస్టోనియన్లు జర్మన్ సాయుధ దళాల (ఎస్టోనియా వఫ్ఫెన్- SS తో సహా) లోకి నియమించబడ్డారు. వారిలో చాలామంది 1944 లో ఎస్టోనియాను నూతన ఆక్రమణ ముప్పు ముంచెత్తింది.[113]  ఎస్టోనియా రిపబ్లిక్ చివరి చట్టబద్ధమైన ప్రధాన మంత్రి కార్యాలయానికి (" ఎస్టోనియా రిపబ్లిక్  రాజ్యాంగం ") 1944 జనవరిలో ఎస్టోనియా మళ్లీ ఎర్ర సైన్యం నుండి దాడి అవకాశాన్ని ఎదుర్కొంటోందని రేడియో సమాచారం అందింది. ఈ కాల్ ఫలితంగా 38,000 నూతన నియామకాలు జరిగాయి.[114] ఫిన్నిష్ ఆర్మీలో చేరిన వేలమంది ఎస్టోనియన్లు సోవియట్ పురోగతికి వ్యతిరేకంగా ఎస్టోనియాను రక్షించడానికి నియమించిన కొత్తగా ఏర్పడిన ప్రాదేశిక రక్షణ దళంలో చేరారు. ఎస్టోనియా యుద్ధంలో పాల్గొనడం ద్వారా ఎస్టోనియన్ స్వాతంత్ర్యానికి పాశ్చాత్య మద్దతును ఆకర్షించగలమని ఆశిస్తుంది. [115]