Lehtisaaren omistavat pääasiassa Helsingin ja Vantaan seurakunnat. Saari on todennäköisesti lahjoitettu katoliselle kirkolle ns. sielunmessulahjana, joka katolisen opin mukaan saattoi vapauttaa lahjoittajan kiirastulesta. Tällainen maaomistus palautettiin 1500-luvulla uskonpuhdistuksen yhteydessä yleensä kirkolta kruunulle, mutta Lehtisaari jäi tuntemattomasta syystä luterilaisen kirkon eikä valtion omistukseen. Lehtisaari kuuluikin vuosisatoja luontoisetuna Helsingin pitäjän kirkkoherran palkkaukseen. Alueliitosten seurauksena Lehtisaari jaettiin vuonna 1952 Helsingin pitäjän kirkon (nykyisin Vantaan seurakuntien) ja Helsingin seurakuntien kesken. Vanhan manttaalin mukaisesti Vantaan seurakuntayhtymä omistaa edelleen Lehtisaaren maa-alueesta 64,11% ja Helsingin seurakuntayhtymä 35,89%. Lehtisaaren tontit ja rakennusoikeudet on vuokrattu asunto-osakeyhtiöille ja liikekeskuksen osalta Liikekeskus Oy:lle. Poikkeuksen muodostaa osoitteessa Lehtisaarentie 14 oleva kiinteistö, jonka omistaa VVO ja Vantaan seurakuntayhtymän osoitteessa Liljasaarentie 1a myymä merenrantatontti, jolle on valmistumassa viiden asunnon pari-/rivitaloa. Useimpien nykyiset vuokrasopimukset päättyvät vuonna 2019, joiden jatkosta neuvotellaan seurakuntayhtymien kanssa. Ne ovat suunnitelleet tuntuvia korotuksia tonttivuokriin, jolloin joissain taloyhtiöissä vastike jopa yli kaksinkertaistuisi.[2] Helsingin kaupunki omistaa Lehtisaaren katualueet.[3] Seurakunnan omistus näkyy Lehtisaaren kaduston nimissä; yksi kaduista on esimerkiksi Pyhän Laurin tie. Seurakunnat saivat  saaren lahjoituksena virkistyskäyttöön, jossa osa saaresta on vieläkin.