ولد ميكيلانجيلو في قرية كابريزي قرب أريتسو بتوسكانا وترعرع في فلورنسا،[10] التي كانت مركز النهضة الأوروبية آنذاك، ومن محيطها المليء بمنجزات فناني النهضة السابقين إلى تحف الإغريق المذهلة، استطاع أن يتعلم ويستقي منها الكثير عن فن النحت والرسم. كانت أسرة ميكيلانجيلو من أبرز المصرفيين الصغار في فلورنسا، لكن والده، "لودفيكو دي ليوناردو دي بوناروتي دي سيموني"، شذ عن باقي أفراد العائلة، وشغل عدّة مناصب حكومية خلال حياته،[11] أما والدته فهي "فرانشيسكا دي نيري دل مينياتو دي سيينا".[12] زعمت أسرة بوناروتي أن أبنائها يتحدرون من "ماتيلدي التوسكانية" وهي إحدى نبيلات إيطاليا القديمات، وعلى الرغم من أن هذا الزعم ما زال غير مؤكد، إلا أن ميكيلانجيلو نفسه كان مؤمنًا به.[13] بعد بضعة أشهر من ولادة ميكيلانجيلو، عادت أسرته إلى فلورنسا، حيث قضى سنوات صباه، وفي سنة 1481، أي عندما كان يبلغ من العمر ست سنوات فحسب، توفيت والدته بعد صراع طويل مع المرض، فانتقل ميكيلانجيلو ليعيش مع أسرة رجل يعمل في قلع الحجارة ببلدة "سيتيغنانو"، حيث كان ولده يملك مقلعًا للرخام ومزرعة صغيرة.[12] أفاد جورجو فازاري أن ميكيلانجيلو قال: .[10]  أقدم والد ميكيلانجيلو، الذي كان قاضياً على بلدة كابريزي في ذلك الوقت،[14] على إرسال ولده إلى المعلّم "فرانشيسكو دا أوربينو" في فلورنسا، حتى يتعلّم قواعد اللغة،[10][15] لكن الفتى لم يُظهر ميلاً نحو العلم، بل كثيرًا ما كان يُفضل نسخ اللوحات في الكنائس، ويميل إلى صحبة الفنانين والرسامين.[15] في النهاية وافق الأب على رغبة ولده وسمح لهذا الصبي ذو ثلاثة عشر ربيعاً بأن يعمل لدى رسام جص يدعى دومينيكو غرلاندايو،[16][17] وعندما بلغ ميكيلانجيلو عامه الرابع عشر، كان والده قد أقنع دومنيكو بأن يُعلن تلميذه رسامًا.[18] يُعرف أن ميكيلانجيلو لم يستطع التوافق مع معلمه وكثيرًا ما كان يصطدم معه مما حذا به لينهي عمله لديه بعد أقل من سنة.[19] في عام 1489، طلب لورينزو دي ميديشي، حاكم فلورنسا بحكم الأمر الواقع، طلب من دومينيكو غرلاندايو أن يُرسل إليه أفضل طالبين في عهدته، فأرسل إليه الأخير كلاً من ميكيلانجيلو وفرانشيسكو غراناسي.[20] خلال الفترة الممتدة من عام 1490 حتى عام 1492، التحق ميكيلانجيلو بالمدرسة الإنسانية التي أسستها أسرة ميديشي لتدريس الفلسفة الإفلاطونية المحدثة، حيث تعلّم النحت على يد "بيرتولدو دي جيوفاني"، وتأثرت نظرته إلى الحياة وأنماط فنّه بآراء ونظريات الكثير من الفلاسفة والكتّأب المعروفين في ذلك الزمن، مثل: مارسيليو فيسينو، بيكو ديلا ميراندولا، وأنجلو بوليزيانو.[21] خلال هذه الفترة، أتمّ ميكيلانجيلو العمل على نقش "سيدة الأدراج" (1490–1492) ومعركة القناطرة (1491–1492)، وقد كانت الأخيرة مبنية على فكرة اقترحها أنجلو بوليزيانو، وكلّفه بها لورينزو دي ميديشي.[22] أدّى إعجاب بيرتولدو دي جيوفاني بعمل تلميذه أشد الإعجاب، إلى تولّد شعور بالغيرة عند زميل ميكيلانجيلو المدعو "بيترو توريغيانو"، فضربه على أنفه ضربةً قوية شوهت شكله، ويظهر هذا التشوه بشكل واضح في كل الرسومات الشخصية لوجه ميكيلانجيلو.[23]  على الرغم من إنكار ميكيلانجيلو لفضل غيرلاندايو في تعليمه أي شيء إلا أنه من الواضح أنه تعلم منه فن الرسم الجداري حيث أن رسومه الأولية كانت قد أظهرت طرق ومناهج اتبعها غيرلاندايو. في الفترة الممتدة بين عاميّ 1490 و1492 أمضى وقته في منزل لورينزو دي ميديشي المعروف بلورينزو العظيم الراعي الأهم للفنون في فلورنسا وحاكمها. حيث كان المنزل مكان دائم لاجتماع الفنانين الفلاسفة والشعراء. ومن المفترض أن ميكيلانجيلو قابل وتعلم من المعلم الكهل بيرتولدو الذي كان قد تدرب مع دوناتلو فنان القرن الخامس عشر في فلورنسا.[24]