Хойан расположен в центральном Вьетнаме, в северо-восточной части провинции Куангнам, в устье реки Тхубон, приблизительно в 50 к северу от города Тамки и 30 к югу от Дананга. Основная часть города расположена на северном берегу реки, у впадения её в Южно-Китайское море. Административно к городу относятся также несколько островов в устье реки Тхубон и Тямские острова, расположенные недалеко от побережья. Из-за наносов в районе Хойана продолжаются различные русловые процессы, в том числе образование песчаных отмелей и лагун, изменение линии речного и морского побережья[2][37][38][39].