Учёные расходятся во мнении относительно происхождении ритуала и этимологии «пуджи». Многие индологи полагают, что пуджа первоначально была дравидийской духовной практикой — иными словами, практиковалась в доарийской Древней Индии в культах местных и родовых божеств. Признаками этого являются разграничение между арийской, то есть брахманской, яджной и дравидийской пуджей; отказ ортодоксальных сект брахманов, следующих ведийским традициям, участвовать в пудже; популярность пуджи в деревенских культах; а также роль низкокастовых, а следовательно, неарийских наследственных пуджари в деревенских пуджах. Однако для гипотезы о дравидийском происхождении термина не хватает лингвистических аргументов. В 1926 году шведский востоковед Ярл Шарпантье (Swedish: Jarl Charpentier) предложил считать «пуджу» производным словом от тамильского «пучу» (pucu) или от каннада «пушу» (pusu), что означает «намазать»[7]. Как тамилы, так и каннада имеют дравидийские корни, а «пучу» или «пушу» может свидетельствовать о применении пасты или порошка из сандалового дерева, куркумы или кумкума в пудже[8].

Пуджа как ритуал сохранилась со времён Древней Индии. В раннем индуизме практиковались два способа обретения божественной милости. Первым была яджна — огненный ритуал жертвоприношения, в котором посредником между человеком и богами выступал бог огня Агни. Вторым была пуджа, в ходе которой верующий выказывал свою преданность, служение и любовь к божеству[8]. Отличительной особенностью пуджи является тот факт, что бог представлен в символической форме. Им может быть мурти, художественное изображение или сакральный символ. В ведийский период яджна представляла собой главный ритуал. Правильно проведённая яджна по силе могла превосходить самих богов. Для достижения желаемого результата было достаточно провести яджну с соблюдением всех требований. Мастер яджны, знающий тонкости ритуала, высоко почитался в обществе, что привело к особому отношению к брахманам. Пуджа, доступная для каждого смертного, напротив, представляла собой средство прямого общения с божеством. Впервые пуджа упоминается в священных текстах, дополняющих Веды и известных как сутры. Ранние сутры датируются 600—400 годами до н. э., что может давать временной ориентир для появления ритуала. Пуджа получила развитие и распространение по мере отхода на задний план ведийских божеств природных сил и становления антропоморфных культов. В пудже ценилась «нравственная» чистота, в то время как в яджне — чистота «ритуальная»[10].