Pada tahun 1948, Soepeno pergi ke Sumatera untuk mengkonsolidasi Republik di Sumatera (Bukittinggi) dan mempersiapkan kemungkinan-kemungkinan terjadinya perang kembali serta pindahnya pemerintahan ke Sumatera.[2] Kemudian pada 29 Januari 1948 ia dipanggil kembali ke Jawa, ia diangkat menjadi Menteri Pembangunan dan Pemuda dalam Kabinet Hatta I (Kabinet Presidentil I).[16] Ia adalah satu-satunya anggota sayap kiri yang duduk di Kabinet Hatta I atas nama perseorangan.[17]