Madagaskarin ulkopuolelta tulleet vähemmistöt muodostavat noin 1,7 prosenttia väestöstä. Ranskan siirtomaakauden seurauksena maahan tuli monia virkamiehiä ja sotilashenkilöitä, joista osa on jäänyt maahan. Lisäksi maassa on ranskalaisia liikemiehiä ja plantaasinomistajia. 1990-luvun alussa Madagaskarissa työskenteli arviolta 18000 Ranskan kansalaista. Komorilaiset muodostivat historiallisesti merkittävän maan ulkopuolelta tulleen vähemmistön. Heidän lukumääränsä pieneni kuitenkin nykyiseen 25000:een Mahajangan vuoden 1976 rotumellakoiden jälkeen, jolloin 1400 komorolaista kuoli ja 20000 lähti maasta. Intian ja Pakistanin alueelta tulleiden jälkeläisiä on maassa noin 17000, ja he ovat keskittyneet maan länsirannikolle. Kiinalaisia on noin 9000, ja he ovat keskittyneet maan itärannikolle ja pääkaupunki Antananarivoon.[29]

Ranskan siirtomaavallan laajentuminen keskeytti Madagaskarin itsenäisen kehityksen. Ranska aloitti vuonna 1883 sodan, mutta kärsi syyskuussa 1885 tappion Toamasinan luona. Vihollisen sotilaallinen ylivoima pakotti kuitenkin Madagaskarin luovuttamaan Ranskalle maan ulkomaansuhteiden hoidon, maksamaan sotakorvauksia ja antamaan sille Diego Suarezin tukikohdan (nykyinen Antsiranana). Vuonna 1890 solmitussa sopimuksessa Ranska tunnusti Sansibariin kohdistuvat Britannian vaatimukset, ja Britannia luopui samalla oikeuksistaan Madagaskariin. Ranska aloitti joulukuussa 1894 maata vastaan uuden sodan, valtasi sen tärkeimmät satamat ja syyskuussa 1895 pääkaupungin Antananarivon. Kuningatar Ranavalona III allekirjoitti sopimuksen, jonka mukaan Madagaskarista tuli Ranskan protektoraatti. Kesäkuussa 1896 Ranskan parlamentti julisti Madagaskarin ja sen lähisaaret Ranskan siirtomaaksi.[15]