Kreikka itsenäistyi osmanien valtakunnasta vuonna 1821, mutta Kreeta pysyi edelleen osana valtakuntaa. Seuraava suurempi kapina järjestettiin ja kukistettiin etelärannikolla, Frangokástellossa vuonna 1828. Vuonna 1866 2000 ihmistä teki itsemurhan Arkádin luostarissa räjäyttämällä itsensä ruutivaraston mukana.[32] Kapinaliike painosti Ateenaa tulemaan apuun. Vuoden 1866 kapinan johtomiehet alkoivat vaatia énosista eli liittoa Kreikan kanssa. Kreikkalaiset ympäri maailmaa alkoivat kerätä rahaa aseita varten, ja saarelle alkoi saapua vapaaehtoisjoukkoja. Kreetalaiset jäivät kuitenkin yksin, sillä suurvallat painostivat Kreikan luopumaan kreetalaiskapinallisten tukemisesta.[33]